Sự suy tàn của chế độ Vệ sở đã buộc nhà Minh thay đổi chế độ quân sự sang chiêu mộ binh lính, được gọi là mộ binh chế (募兵制). Binh lính được tuyển mộ trên khắp các địa phương nhằm cải thiện khả năng chiến đấu cũng như giảm nhẹ gánh nặng quân sự tại điạ phương.[16]

Những binh sĩ được tuyển mộ thông qua mộ binh chế cho phép củng cố hàng ngũ và gia tăng sức chiến đấu, mở rộng quy mô các đội quân vốn phần lớn từ các quân hộ. Nguồn tuyển mộ vô cùng đa dạng, có thể là lưu dân, học sinh, hoặc tráng đinh trong các quân hộ khác tình nguyện nhập ngũ.[43] Quân đội kiểu mới này trở thành một thế lực lớn và thống nhất trên quan hệ ràng buộc khăng khít giữa tướng lĩnh và binh sĩ, và những vấn đề phân biệt đối xử hay chế độ lương bất hợp lý sẽ khiến binh sĩ bất mãn, thậm chí nổi dậy bạo động.[44] Sự kiện binh biến Ngô Kiêu (1632-1633) là một ví dụ, việc đốc sư Viên Sùng Hoán vô cớ buộc tội và giết chết tổng binh Mao Văn Long vào năm 1629 đã khiến binh sĩ dưới quyền Mao bất bình, khiến họ nổi dậy binh biến và đào thoát sang Hậu Kim, trong khi trước đó bản thân Viên Sùng Hoán đã bị hoàng đế Sùng Trinh xử lăng trì vào năm 1630.

Do địa vị xã hội của nghề lính không cao, nên những binh sĩ được tuyển mộ phần đông đến từ những tầng lớp thấp kém trong xã hội như trộm cướp hoặc lưu dân. Kỷ luật và năng lực chiến đấu của những binh sĩ này cũng vì thế mà không có sự đồng nhất. Dân quân từ các đoàn luyện đáng tin và dễ sai khiến hơn những tên xuất thân du thủ du thực. Các tướng lĩnh chỉ huy đã hạn chế việc huấn luyện và cải tổ mạnh các cánh quân này do lo sợ nổi loạn, và các tướng lĩnh chiến đấu chủ yếu dùng gia binh thay vì cố gắng kiểm soát và tạo quân uy với những binh sĩ thiếu tin cậy kia.[45]

Kể từ thời điểm 1570 trở đi, binh sĩ nhà Minh chủ yếu thong qua Mộ binh chế.[37][12]